Gromacs2021 软件安装教程-以昆山中心为例

1. 加载环境

1.1 gcc 安装

集群自带gcc-4.8，故无需安装，若需升级安装，参考帮助文档索引 -> 编译及运行环境 -> 软件安装示例 -> GCC。

1.2 cmake 安装

命令行输入 cmake -version 查看版本，若低于3.13需要重新安装，如下：

上传源码包 cmake-3.20.5.tar.gz 至 /public/home/username/sourcecode 目录下，并执行以下命令：

tar zxvf cmake-3.20.5.tar.gz  #解压
cd cmake-3.20.5  #进入目录
./bootstrap  #编译&安装
make
make install

如果提示权限错误，将 /public/home/username/sourcecode/cmake-3.20.5 目录下的 cmake_install.cmake 文件里的

set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local") 修改为 set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/public/home/username/soft/cmake-3.20.5"）

添加环境变量：

vi ~/.bashrc
export PATH=/public/home/username/soft/cmake-3.20.5/bin:$PATH
source ~/.bashrc #刷新环境变量

2. Gromacs2021 安装

上传源码包 gromacs-2021.2.tar.gz 至 /public/home/username/soft 目录下，并执行以下命令：

tar zxvf gromacs-2021.2.tar.gz  #解压
cd gromacs-2021.2  #进入目录
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/public/home/username/soft/gromacs-2021.2  #编译&安装
make
make check
make install

最后添加环境变量：

vi ~/.bashrc
source /public/home/username/soft/gromacs-2021.2/bin/GMXRC
source ~/.bashrc  #刷新环境变量

查看gromacs是否正确安装:

gmx -version

查看动力学程序mdrun是否可用：

gmx mdrun -h