Gromacs使用说明

本文介绍如何在集群提交Gromacs任务

一、上传算例

1、数据管理>文件管理，选择所在区域

2、选择合适的工作目录上传算例。注意！路径不要包含中文和空格

二、脚本提交

1、复制脚本

2、选择复制到上传好算例的工作目录，进入到上传算例的工作目录，选择刚复制过来的脚本进行编辑

3、进入命令行，选择区域

4、复制包含算例和脚本的工作目录路径/work/home/hurj/test/gmx

5、执行cd /work/home/hurj/test/gmx进入工作目录，执行sbatch gromacs.slurm提交作业，（gromacs.slurm为脚本名，具体命令以工程师提供的脚本名为准），squeue查看作业运行情况，有相同作业号的作业在run就表明正常提交了，其中ST列是状态，PD代表排队，当PD变成R就表示任务开始运行

三、下载结果文件

命令行执行squeue作业号消失，或者作业管理中显示完成后表明作业运行结束，运行无误后可以下载结果文件